Control Hikayesi
Jesse, Kurul'un onu hemen Trench'in yerine FBC'nin yeni direktörü olarak atadığı Astral Düzlem'e taşınır. Trench'in ofisinden çıkan Jesse, Hiss adını verdiği bir varlığın sahip olduğu FBC ajanları tarafından saldırıya uğrar. Jesse, Hiss'in yayılmasının ardından tüm Eski Ev'in acil durumda kilit altında olduğunu ve kayıp Büro bilimcisi Dr. Casper Darling tarafından yapılan Hedron Rezonans Amplifikatörleri (HRA'lar) giyenler dışında binadaki herkesin Hiss tarafından ele geçirildiğini öğrenir. Jesse, Dylan'ın nerede olduğunu araştırmak karşılığında, hayatta kalan Büro ajanlarına binayı geri almaları ve Hiss'i kontrol altına almaları için yardım etmeyi kabul eder.
Yardım Hattı olarak bilinen bir Güç Nesnesini kullanan Jesse, ölen Trench ile iletişim kurar ve eski yönetim ekibinin Dylan'ın yeri de dahil olmak üzere Büro'nun sırlarını bildiğini öğrenir. Binanın Bakım Sektöründeki kilitlenmesini kaldırdıktan sonra Jesse, Trench'in yönetim ekibinin üyelerinden biri olan ve daha fazla HRA üretimini güvence altına almasına yardımcı olan Helen Marshall'ı aramak için Araştırma Sektörüne girer. Marshall, Büro tarafından Başbakan Adayı 6 veya P6 olarak bilinen Dylan'ın, muazzam doğaüstü yetenekleri nedeniyle Trench'i Büro'nun direktörü olarak başarmak için yetiştirildiğini ortaya koyar. Ancak, birkaç Büro ajanını öldürdükten sonra, Dylan çok tehlikeli kabul edilir ve Muhafaza Sektöründe kilitlenir. Jesse, Dylan'ı bulmak için sektöre koşar, ancak kaçtığını ve İcra Sektöründeki Büro'ya teslim olduğunu öğrenir. Dylan, Jesse'ye Hiss'i benimsediğini ve Hiss'in En Eski Ev'e, Büro'nun Olağan'dan kurtardığı Güç Nesnesi slayt projektörü aracılığıyla girdiğini açıklar.
Ahti, Jesse'ye Araştırma Sektöründe slayt projektörünün odasını koruyan ayrıntılı bir labirentte gezinmesini sağlayan bir kaset çalar verir. Slayt projektörünün eksik olduğunu fark eder, ancak Trench ve Darling'in cihazı, Hedron olarak adlandırdıkları bir varlığı keşfettikleri Slidescape-36 olarak bilinen alternatif bir boyuta birkaç sefer düzenlemek için kullandığını öğrenir. Jesse Hedron'u bulur ve Polaris olduğunu keşfeder, ancak birkaç dakika sonra Hiss Hedron'a saldırır ve onu yok eder. Jesse'nin zihni Hiss tarafından işgal edilir, ancak Jesse Hedron'un kendi içindeki rezonansını yeniden keşfederek onu ve Büro'yu kurtarabilir. Bu süreçte Jesse, Trench'in Slidescape-36'ya yapılan seferler sırasında Hiss tarafından ele geçirilen ilk kişi olduğunu ve Hiss'i En Eski Ev'e bırakmaktan sorumlu olduğunu öğrenir. Jesse, Dylan ve Hiss'in Astral Düzlem'e girmeye ve Yönetim Kurulu'nu ele geçirmeye çalıştıkları Yürütme Sektöründe slayt projektörünü bulur. Jesse slayt projektörünü devre dışı bırakır ve Hiss'i komaya giren Dylan'dan temizler. Direktör olarak yeni rolünü kabul eden Jesse, Büro'da düzeni sağlamak için kalan Hiss'i yenmeye karar verir.
The Foundation
Jesse, Kurul tarafından, En Eski Ev'i Astral Düzlem'e bağlayan bir nesne olan Çivi'nin bulunduğu En Eski Ev'in merkezinde uzanan kavernöz bir alan olan Vakıf'a çağrılır. Jesse, Çivinin ciddi şekilde hasar gördüğünü ve bunun Astral Planın En Eski Ev'e sızmasına ve potansiyel olarak felaketle sonuçlanmasına neden olduğunu fark eder. Jesse Çiviyi geri almaya çalışırken, Hiss istilası sırasında Vakfa giren ve kaybolan Helen Marshall'ın nerede olduğunu araştırır. Bu arada Jesse, 1964 yılında En Eski Ev'e yapılan ilk keşif gezilerinin bir parçası olan bir Büro bilimcisi olan Theodore Ash, Jr. tarafından geride bırakılan günlükleri keşfeder. Ash, Trench'ten önceki yönetmen Broderick Northmoor'un, savaş sırasında Kurulun etkisi altına girdiğini ortaya çıkarır. Kurul'un çıkarlarına hizmet etmek için Büro'yu kökten değiştirmekten sorumluydu.
Jesse, Çivi'yi onarmaya devam ederken, birdenbire, Jesse'ye yeni bir yetenek kazandıran ve Yönetim Kurulu'nu öfkelendiren boyut dışı bir varlık olan Eski ile karşılaşır. Eski, bir zamanlar Kurul üyesi olduğunu iddia eder, ancak bilinmeyen bir ihlal için suçlandıktan sonra sürgüne gönderilmiştir. İki varlık arasında kalan Jesse sonunda Çivi'yi eski haline getirmeyi başarır, ancak En Eski Ev ile Astral Düzlem arasında her iki boyutu da yok etmekle tehdit eden titremeler meydana gelir. Jesse, Çivi'nin tabanına ulaşır ve Marshall'ın Hiss tarafından ele geçirildiğini görür. Eski'nin yardımıyla Jesse, Marshall'ı öldürür ve Çiviyi temizler. Jesse daha sonra hem Hiss'e hem de Board'a karşı önleyici bir önlem olarak Çiviyi yok edenin Marshall olduğunu öğrenir. Kurul, yanıt olarak Marshall'ın HRA'sını yok etti ve onun Hiss tarafından ele geçirilmesine izin verdi. Kurul'a olan inancı sarsılan Jesse, Büro'yu kendi yolunda yönetmeye yemin eder.