Yakuza 3 Hikayesi
Kiryu, Kazama'nın yetiştirdiği gibi yetimler yetiştirmeyi umarak Okinawa'daki bir yetimhanenin velayetini kabul eder. Ayrılmadan önce, rakibi Goro Majima'dan Kiryu'nun halefi Daigo Dojima'ya klan başkanlığı görevlerinde yardım etmesini ister. Kiryu onu yendikten sonra Majima, kabul eder.
Altı ay sonra, Kiryu yetimhaneye yerleşir ve üzerine inşa edildiği arazinin sahibi olan Ryudo Ailesi'nin tahliye bildirimleriyle uğraşır. Patronun sağ kolu Rikiya Shimabukuro da dahil olmak üzere klanın iki üyesiyle yüzleşir ve klanın patriği Shigeru Nakahara ile tanışır. Nakahara, Kiryu'ya arazinin bir sahil beldesi için arandığını bildirir. Kiryu, Nakahara'nın tehditlerine rağmen yetimhaneyi kapatmayı reddeder.
Ertesi hafta Rikiya, Kiryu'dan Nakahara'nın kızı Saki'yi bulmak için yardım ister. Kiryu ve Rikiya, Saki'nin annesinin, Nakahara'nın topraklarını ele geçirmek için Saki'yi koz olarak kullanmayı planlayan rakip bir ailenin reisi Tetsuo Tamashiro ile çalıştığını öğrenir. Kiryu, Tamashiro'yu yener ve çetesini kovar ve annesi onu reddedince Saki Nakahara'ya döner. Nakahara karşılığında Kiryu'ya yemin eder. Daigo, Tamashiro'nun Savunma Bakanı Ryuzo Tamiya'nın Askeri Üs Genişletme Yasasına bağlı bir şemada araziyi güvence altına almak için işe alındığını ortaya koyar. Daigo, Tojo Klanını tatil köyüne dahil etmeyi reddeder.
Mart 2009'da, Daigo ve Nakahara ayrı olaylarda vurularak Daigo koma halinde bırakılır ve yetimhanenin tapusu çalınır. Kiryu, Kamurocho'ya gider ve Kazama'nın halefi olan ve bir savaş gemisi tarafından öldürülen Osamu Kashiwagi ile tanışır. Kaçan Kiryu, onu Kashiwagi'nin ölümüyle ilgili üç şüpheli hakkında bilgilendiren eski arkadaşı Makoto Date tarafından kurtarılır Hakuho Klanının başkanı Yoshitaka Mine, Yokohama üçlüleriyle bağları olan bir patrik olan Goh Hamazaki ve kontrol eden Tsuyoshi Kanda.
Kiryu ve Rikiya, Kanda'yı sorgular ve olaya karışmadığını öğrenir. Date, Kiryu'ya Majima'nın tesisi inşa etmek için sözleşme imzaladığını bildirir. Bir rövanştan sonra Majima, Hamazaki'nin kendisine sözleşmeyi aldığını açıklar. Majima'nın ortağı, Sai Çiçekçisi, Kiryu'ya eski düşmanı Lau Ka Long'un Hamazaki'nin bir müttefiki olduğunu bildirir. Long, Rikiya'yı kaçırır ve Kiryu'yu onunla savaşmaya zorlar. Rikiya, Nakahara'nın Long'u öldüren saldırganı tarafından kurtarılır. Kiryu daha sonra Mine ile tanışır ve Mine ona Kanda'nın kopmuş kafasını verir ve Hamazaki'nin ortadan kaybolduğunu ve adamlarının muhtemelen üçlüler tarafından öldürüldüğünü ortaya çıkarır.
Tamiya, Kiryu ile tanışır ve Askeri Üs Genişletme Yasası'nın Kara Pazartesi olarak bilinen bir silah kaçakçılığı grubunu ortadan kaldırmak için bir CIA operasyonunun parçası olduğunu ve Nakahara'nın saldırganının kıdemli CIA operatörü Joji Kazama olduğunu ortaya çıkarır. Tamiya, Kiryu eski sekreterini Joji'nin planlı bir saldırısından korursa tesisi durdurmayı kabul eder. Kiryu, Joji'yi durdurur ve onu yener. Eve dönen Kiryu, yetimhaneyi harabe halinde bulur; Mine, kalan araziyi güvence altına almak için Tamashiro'ya tesisten bir pay sözü vermiştir. Nakahara, Tamashiro'nun boğa güreşi arenasında boğalar tarafından çiğnenir. Kiryu, daha sonra ona ateş eden Tamashiro'yu yener; Rikiya, Kiryu'yu savunur ve ölümcül şekilde yaralanır. Joji, Tamashiro'yu öldürür, ölmekte olan Rikiya ise Kiryu'dan Mine'ı durdurmasını ister.
Kiryu, Daigo'nun tedavi gördüğü hastanede Hakuho Klanını yener, ardından Joji'nin meslektaşı Andre Richardson tarafından yönetilen haydut bir CIA ekibini yener. Mine ve Daigo'yu hastane çatısında bulur. Mine, Daigo'yu putlaştırdığını, onu ötenazi yapmak ve Tojo Klanını devralmak niyetinde olduğunu ortaya koyuyor. Kiryu onu yener. Richardson ekibiyle birlikte gelir ve Kara Pazartesi'nin lideri olduğunu ortaya çıkarır. Mine ve Kiryu'yu öldürmeden önce Daigo uyanır ve Richardson'ın ajanlarını öldürür. Richardson, Daigo ve Kiryu'yu öldürmeye çalışır ve Kiryu'dan ilham alan Mine, Richardson'ı çatıdan ölümlerine karşı mücadele ederek onları kurtarmak için kendini feda eder. Joji ve Haruka bir kurtarma helikopteriyle gelir.
Kiryu, eve gitmeden önce Haruka ile tanışırken arkadaşları Kazuki ve Yuya'ya veda eder. Kiryu, talihsizliği için onu suçlayan ve Kazuki ve Yuya onu boyun eğdirmeden önce Kiryu'yu bıçaklayan Hamazaki ile yüzleşir. Ağır yaralanan Kiryu, görünüşe göre son sözlerini Haruka'ya verir. Emeği geçenler sahnesinden sonraki bir kısımda, Kiryu'nun yetimhanede dinlenirken hayatta kaldığı ortaya çıkıyor.