Yakuza 4 Hikayesi
Adamlardan biri, Masaru Ihara, Arai'yi vurur ve kaçar. Akiyama ofisine döner ve Arai'yi Ihara'nın cesedinin yanında onu öldürmüş olarak bulur. Arai kaçar ve Akiyama cinayetten tutuklanır. Sekreteri onu serbest bıraktırır, ancak tutuklama memuru Junji Sugiuchi, Akiyama'yı yakuza'dan kaçınması için uyarır.
Akiyama, Kido'ya Millennium Tower patlamasından para bulana ve firmasını kurmak için kullanana kadar evsiz olduğunu açıklar. Lily adında bir kadın 100 milyon ¥ kredi talep eder. Akiyama, Lily ile ilgili kişilerin öldürüldüğünü öğrenir ve Lily onunla yüzleştiğinde krediyi alır ve kaçar. Akiyama sonunda, onu korumak için Lily'yi aradığını açıklayan Goro Majima ile tanışır.
1985 yılında, Majima ve kan kardeşi Taiga Saejima, Ueno Seiwa Klanının başkanına suikast düzenlemeye hazırlanır. Saejima, başkan hayatta kalsa da, on sekiz kişiyi öldürerek tek başına vurmak zorunda kalır. Saejima tutuklanır ve ölüme mahkum edilir. Şu anda, infazı yaklaşırken, Saejima kıyıdan bir hapishaneye transfer edilir. Kiryu'yu öldürmeye teşebbüsten hapsedilen eski patrik Goh Hamazaki ile tanışır ve Hamazaki'nin Saejima'nın kurulduğunu ortaya çıkarmasından sonra kaçmayı planlar. Kaçış sırasında Hamazaki, Saejima'yı hapishane şefi Saito'dan kurtarmak için kendini feda ediyor gibi görünür. Saejima kıyıya çıkar ve Kiryu ve Haruka ile tanışır. Saejima izini sürer ve saldırı gününde yolunun kesildiğini açıklayan Majima ile savaşır.
Dedektif Masayoshi Tanimura, Ihara'nın cinayetini araştırır. Saejima'nın kız kardeşi Yasuko olan Lily'yi bulur ve onu Shibata ailesinden kurtarır. Patrik Kazuo Shibata'nın Arai ile birlikte çalıştığını ve 1985 hitini Isao Katsuragi'nin yardımıyla organize ettiğini öğrenir. Arai, Katsuragi'nin emriyle Shibata'yı vurur ve kaçar. Yasuko, Tanimura'nın babasının cinayeti araştırdığını ancak ortadan kaybolduğunu açıklar. Shibata'nın adamlarını öldürmeye zorlar ve Katsuragi, onları ortadan kaldırırsa veya ona 100 milyon ¥ verirse Saejima'nın davasının yeniden incelenmesine söz verdi. Tanimura, ona parayı vermek için Katsuragi ile bir görüşme ayarlar. Katsuragi, 1985'teki cinayetlerden kendisinin sorumlu olduğunu ortaya koyar ve adamlarına Tanimura'yı öldürmelerini emreder. Sugiuchi onu kurtarır.
Tanimura'nın amiri Satoshi Hisai, Tanimura'nın Sugiuchi'nin babasının soruşturmadaki ortağı olduğunu öğrenmesine yardımcı olur. Parayı Akiyama'ya iade eder ve Katsuragi'nin olaya karışan herkesi susturduğu sonucuna varırlar. Ihara'nın arkadaşı Yutaka Mishima, Tanimura ile iletişime geçerek patronu hakkında bilgi vermeyi teklif eder. Sugiuchi, Mishima'yı öldürür ve onun Katsuragi'nin köstebeği olduğunu ve Katsuragi'nin Komiser Yardımcısı Seishiro Munakata ile cinayeti örtbas etmesine yardım ettiğini açıklar. Munakata'nın köstebeği olan Hisai, Sugiuchi'yi öldürür ve suçluluk duygusundan intihar eder.
Hayatta kalan Hamazaki, Morning Glory Yetimhanesine gelir. Kiryu'ya reform yapmak istediğini söyler ve polisin kirli para kullandığını gösteren bir defterin çalındığını kabul eder. Planı, Tojo Klanını yok etmeyi ve Ueno Seiwa Klanının devralmasına izin vermeyi planlayan Munakata ve Katsuragi ile ilişkilendirir. Polise teslim olmak için gittiğinde Yasuko'yu bulurlar ve ona yardım etmeyi teklif ederler. Saito onları öldürme emriyle gelir. Kiryu onu döver ve Yasuko ile birlikte Kamurocho'ya gider; Hamazaki yaralanır ve daha sonra hastanede ölür.
Yetkililer Akiyama'nın ofisine baskın düzenler, bu yüzden o ve Tanimura birlikte çalışmayı kabul eder. Kiryu, Yasuko'yu Date ile bırakır ve Majima ile buluşmaya gider, ancak onun tutuklandığını görür. Munakata, Daigo Dojima ile tanışır, polise organize suçu kontrol etme planını açıklar ve Daigo, gizli bir polis memuru olan Arai'yi terfi ettirirse Ueno Seiwa'yı ortadan kaldırmayı teklif eder.
Kiryu, Akiyama ve Tanimura'ya katılan ve kanalizasyona kaçan Yasuko tarafından uyuşturulmuş Date'i bulur. Kiryu onları yener, ancak Yasuko ve Saejima'nın Katsuragi tarafından ele geçirildiğini öğrenir. Akiyama, Kido'nun ondan 100 milyar yen çaldığını ve bunu Ueno Seiwa'ya verdiğini öğrenir. Katsuragi, defter karşılığında Saejimaları ve parayı iade etmeyi teklif eder, ancak Kido onu vurur ve defteri, onu vuran ve ayrılan Arai'ye verir. Katsuragi, onu öldüren Yasuko'yu ölümcül şekilde yaralar ve Arai, parayı geri almak için Kiryu'nun yetimlerini tehdit etmesini emredince Munakata'yı vurur.
Kiryu, Saejima ve Akiyama'yı motive etmek için Hamazaki'nin ölümünü kullanır. Akiyama'nın parasını Milenyum Kulesi'nin çatısında yem olarak kullanırlar. Daigo ve Arai onu talep etmek için gelirler ve Kido'nun hayatta olduğu ve Daigo için çalıştığı ortaya çıkar. Ölümünü taklit eden Munakata, diğerlerini öldürmeleri için memurlar getirir. Akiyama, Kiryu, Saejima ve Tanimura, Arai, Daigo, Kido ve Munakata ile adamlarını yener. Munakata dokunulmaz olduğunu açıklayınca Date, yolsuzluğunu ortaya çıkaran gazeteleri dağıtır. Akiyama'yı vurur, ancak bir tomar para mermiyi durdurur. Hayat boyu hapisle karşı karşıya kalan Munakata intihar eder. Arai yetkililere teslim olur.
Aylar sonra grup, Akiyama'nın işini yeniden başlatmayı planladığı ofisinin dışında buluşur. Orduya yeniden katılan Date, Kiryu'ya ne yapmayı planladığını sorar; Kiryu, Daigo ve yeni serbest kalan bir Majima, Saejima'yı kendi ailesinin reisi olarak atar.